马耳他海关采用欧盟统一标准，分为红色、绿色和蓝色通道。有需要申报物品或不确定是否需要申报者，走红色通道；自非欧盟国家抵马耳他，且没有需申报物品者，走绿色通道；自欧盟国家抵马耳他，且没有需申报物品者，走蓝色通道。不得为他人携带物品过关。
自非欧盟国家入境每人（18岁及以上）可免税携带以下自用物品：200支香烟（或100支小雪茄，或50支雪茄，或250克烟草）；1升烈性酒；2升无泡葡萄酒；16升啤酒。
自欧盟国家经停中转入境者可将在欧盟区所购物品自由带入马耳他，但总量不能超过以下标准：800支香烟；400支小雪茄；200支雪茄，1000克烟草；10升酒精含量超过22%的烈性酒；20升酒精含量低于22%的酒精饮料；90升葡萄酒或60升气泡葡萄酒；110升啤酒。
未满18周岁者不得携带烟草制品和酒精饮料。
携带以下物品入境时须向海关申报：价值1万欧元以上的现金或旅行支票（含出境）；超过免税限量或限额的自用品；用于商业目的的物品。违者将被处以罚款或没收。
违禁品或限制入境的物品有：动植物、蔬菜、肉制品、管制药品、淫秽物品、假冒和盗版产品、仿真枪械、毒品、弹药、爆炸物等。
动植物产品入境须依据国际惯例进行检验检疫。
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